Conformément aux standards internationaux de sélection compétitive de projets de recherche, le processus de sélection de la fondation est basé sur le principe d’évaluation par les pairs. Ainsi, la fondation s’appuie sur une communauté internationale d’experts scientifiques, extérieurs au campus de Strasbourg, qui réalisent de façon indépendante des évaluations écrites. Les experts sont des personnalités scientifiques principalement françaises et internationales, sollicitées par la fondation sur proposition du conseil scientifique, sur des critères de compétence. Avant d’avoir accès aux dossiers complets, les évaluateurs donnent leur accord de confidentialité et déclarent leur absence de conflit d’intérêt. Les projets sont évalués en fonction de leur originalité, de leur faisabilité, de leur importance et de leur excellence.